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Prestations

La Plateforme Protéome (PF) élargie en permanence son offre de prestation portant essentiellement sur la séparation, l’identification et la caractérisation des protéines, la quantification différentielle des protéines ou encore la recherche de partenaires protéiques.

Plus précisément, dans le domaine de la séparation des protéines, la PF propose des techniques électrophorétiques mono- (SDS-PAGE, BN-PAGE, 16-BAC-PAGE, IEF) ou bi-dimensionnelle (BN/SDS-PAGE, 16-BAC/SDS-PAGE, IEF/SDS-PAGE). Les gels peuvent être colorés au moyen d’une multitude de colorant (Coomassie Blue, Colloidal Blue, Silver (MS Compatible), Pro Q Diamond, Ruthenium II, Sypro, Deep Purple). Les images de gel peuvent ensuite être traitées bioinformatiquement (Analyse d’image/biostatistique) afin de déterminer les spots dont l’intensité est modulée de manière significative entre différentes condition (Protéomique d’expression différentielle).

Les gels peuvent aussi être transférés sur membrane.

Alternativement, les protéines peuvent être séparées par Isoelectrofocalisation en veine liquide soit au moyen du système Rotofor soit au moyen du système OffGel.

S’agissant d’identification, les spots protéiques peuvent être identifiés par MALDI-TOF/TOF ou LC-MS/MS sur trappe ionique.
Les mélanges plus complexes sont analysés par LC-MS/MS sur un système haute résolution de type Orbitrap. La durée du gradient est adaptée à la complexité de l’échantillon.

Dans le domaine de la protéomique quantitative, la PF offre la possibilité d’analyser vos échantillons via la technique Label-Free. Elle permet de comparer plusieurs échantillons sans étape de marquage des protéines/peptides. Le choix de la stratégie d’analyse est guidé par le volume d’échantillon, les quantités requises et le design expérimental.

La mesure de masse de protéines intactes est possible soit en analyse directe (cas des échantillons purs) ou par couplage LC-MS.
En l’absence de banque de données adéquates, l’identification des protéines par séquençage de novo reste possible.

Enfin, la PF propose différentes stratégies pour la caractérisation de modifications post-traductionnelles (i.e. phosphorylation, ubiquitination, glycosylation).

Avant de soumettre des échantillons, il est souhaitable de prendre contact avec la Plateforme Protéome afin d’établir une stratégie d’analyse et mettre au point les conditions de préparations des échantillons. Les prestations sont rendues soit sous forme de collaboration soit sous forme de prestation de recherche :

Dans le cas d'une collaboration, le laboratoire porteur du projet scientifique assume les frais de fonctionnement. Dans ce cas, le personnel qui a participé directement aux activités de prestation reste co-propriétaire des résultats et sera co-auteurs des éventuelles publications scientifiques.
Dans le cas d'une prestation de recherche, le laboratoire porteur du projet scientifique assume non seulement les frais de fonctionnement mais aussi les frais d'expertise. Dans ce cas, le laboratoire porteur du projet reste propriétaire exclusif des résultats. 
Dans tous les cas nous consulter pour connaître les tarifs. Afin de mieux cerner vos besoins et d'assurer un suivi rigoureux des échantillons et de leurs résultats, nous vous demandons de bien vouloir contacter Caroline Tokarski.

Tarifs

Un devis sera établi à chaque demande de prestation. A titre d'exemple, le coût d'une analyse par LC-MS/MS sur Orbitrap Fusion Lumos avec un gradient de 86 min est de 100.00 € HT en mode collaboration et de 429.70 € HT en mode prestation de recherche. Ce dernier prix est dégressif en fonction du nombre d'échantillons traités simultanément (par exemple 269.80 € HT/échantillon pour un volume de 10 échantillons.