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Conference ART BIO MATTERS - 22-24 Septembre 2021

ART BIO MATTERSART BIO MATTERS (ABM) a pour objectif d'offrir un forum stimulant permettant d'explorer les orientations actuelles et nouvelles de l'étude des matériaux biologiques présents dans les collections du patrimoine culturel, par le biais d'une réunion semestrielle et d'un site web dédié. L'un des aspects essentiels du forum est la possibilité de discuter de la recherche à n'importe quel stade d'avancement parmi une communauté diversifiée d'experts, dans un format conçu pour promouvoir le dialogue et le débat collégiaux.

Bien que les disciplines de base de l'ABM soient la science, la conservation et l'histoire culturelle, l'ABM accueille d'autres acteurs impliqués dans les études du patrimoine culturel.

 

 

Informations pratiques :

Dates : 22-24 Septembre 2021.

Lieu : Virtual conference

Plus d'information : https://www.artbiomatters.org/

Nouveau chercheur post-doctoral – DR Florent Grélard

Florent Grélard
         Dr Florent Grélard

Depuis septembre 2021, un nouveau chercheur post-doctoral, Florent Grélard, a rejoint l’équipe SM2B (Spectrométrie de Masse des Macromolécules Biologiques) de l’UMR CNRS 5248 Institut de Chimie & Biologie des Membres & des Nano-objets).
Florent a effectué sa thèse en analyse et traitement d’images médicales au sein de l’équipe Image & Son du Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique. Sa thèse a porté sur la caractérisation d’organes tubulaires, tels que l’arbre trachéo-bronchique ou les vaisseaux sanguins. La caractérisation s’est faite au travers de représentations de l’organe permettant de faire des mesures précises : les plans orthogonaux et le squelette de l’objet. 
Florent a poursuivi dans deux post-doctorats : l’un à Lyon portant sur l’intégration de photographies urbaines, et l’autre, à Nantes, portant sur la mise en corrélation d’images de spectrométrie de masse et d’IRM. 
En Septembre 2021, Florent a rejoint le CBMN afin de développer des méthodes adaptées au traitement et à la mise en corrélation d’images. Son projet porte sur l’étude de la tuberculose, en combinant plusieurs modalités d’imagerie, telles que l’imagerie par spectrométrie de masse, l’immunofluorescence et la spectroscopie Raman.

Contact  : florent.grelard@u-bordeaux.fr
 

Bordeaux Summer School 2021 - Advanced mass spectrometry applied to cultural heritage - June 16th-18th, 2021

Bandeau

Bordeaux Summer School - Advanced mass spectrometry applied to cultural heritage

June 16th - June 18th, 2021
 

This online summer school is an innovative and inter / multi-disciplinary training based on advanced mass spectrometry to decipher the complexity of cultural heritage material, i.e. artworks, archaeological and palaeological materials, via their organic macromolecular signatures uncoding (proteins, lipids, polysaccharides).

Lasting three days, the course is delivered remotely and combines lectures and workshops in sample preparation, current mainstream mass spectrometry techniques and their most recent improvements, omics, and bioinformatics, all within the framework of cultural heritage. The program is open to doctoral students, post-doctoral researchers, academics, as well as private and museum actors in analytical and heritage sciences.

 

Program

At this link, the latest updated version of the schedule: link.

 

Speakers

A college of pioneering researchers will present their most recent developments and achievements in the field of cultural heritage mass spectrometry, including technical and computational developments and applications.

  • Julie Arslanoglu, The Metropolitan Museum of Art, New York, USA.

  • Leila Birolo, University of Naples, Italy.

  • Ilaria Bonaduce, University of Pisa, Italy.

  • Enrico Cappellini, University of Copenhagen, Denmark.

  • Rémy Chapoulie, University Bordeaux-Montaigne, France.

  • Matthew Collins, University of Cambridge, England and University of Copenhagen, Denmark.

  • Garry Corthals, University of Amsterdam, The Netherlands.

  • Juergen Cox, Max Planck Institute of Biochemistry, Germany.

  • Francesco D’Errico, University of Bordeaux, France.

  • Nathalie Fourment, National Museum of Prehistory, France.

  • Sven Haakanson, University of Washington, Seattle, USA.

  • Katrien Keune, Rijksmuseum, Amsterdam, The Netherlands.

  • G. Asher Newsome, Smithsonian Museum Conservation Institute, Washington D.C., USA.

  • Caroline Tokarski, University of Bordeaux-CNRS, France.

 

Pratical informations

Dates: June 16th-28th, 2021.

N° participants: 20

Language: Classes, discussions and group work will be in English. Candidates should have a B2 level of English or equivalent.

Format: This summer school will be delivered via remote learning.

Participant profile: The course is designed for doctoral students, post-doctoral researchers, academics, as well as private and museum actors in analytical and heritage sciences. Knowledge in mass spectrometry (fundamentals) is required.

Applications: Candidates must provide a CV and cover letter detailing their motivation for attending the summer school and two professional references (i.e. names, emails, and addresses). Registration being limited to 20 participants, attendees will be selected by the organizing committee from the candidate pool based on merit, background, and other criteria.

Deadline: May 2nd, 2021.

Participation fee: 150 € (incl. VAT) per participant.

More information: https://bss-appliedchemistry.u-bordeaux.fr/en/

Soutenance de thèse - Francesca Galluzzi

Francesca Galluzzi
              Francesca Galluzzi

Date : Mardi 23 février 2021, 15h30, amphithéatre de l'ENSTBB, Bordeaux.

Titre : "Nouveaux développements en spectrométrie de masse de haute résolution pour l’analyse protéomique appliquée au patrimoine culturel: étude des protéines intactes, de leurs réticulations et leurs intéractions dans les œuvres d’art et les objets de musées".

Résumé : Les protéines présentes dans les objets du patrimoine culturel constituent une source d’information essentielle. Leur détection et leur caractérisation peuvent fournir une compréhension précise de la technique et des formulations de l’artiste. Un aperçu plus approfondi de l'état de conservation et de l'histoire de l'œuvre d'art peut également être obtenu grâce à l'étude au niveau moléculaire des mécanismes de dégradation induits par le vieillissement naturel, les facteurs environnementaux ou soit par des traitements de conservation / restauration inappropriés. En premier lieu, le doctorat était dédié au développement de stratégies protéomiques bottom-up et top-down utilisant la spectrométrie de masse pour l'étude des protéines à l'état de traces à partir d'objets historiques et artistiques. Les potentialités d'une combinaison de ces deux approches complémentaires ont été mises en évidence dans l'étude des œuvres de Thomas Gainsborough, où la présence de fixateurs à base de lait a été révélée avec des échantillons prélevés avec des techniques minimalement invasives. Les informations obtenues par l'analyse peptidique, telles que l'origine biologique des protéines détectées et leurs modifications, ont été enrichies par une analyse top-down avec la détection de protéoformes hautement modifiées caractérisées par des motifs de clivage multiples. Ensuite, le projet visait à mieux comprendre les modifications structurales et conformationnelles des protéines dans une œuvre d’art. Une stratégie d'analyse bottom-up visant à étudier les réseaux protéiques a été mise au point, intégrant en particulier la localisation et la caractérisation de paires peptidiques réticulées. La méthodologie a été initialement testée sur des peintures modèles (formulées avec du lysozyme mélangé à un pigment blanc de plomb) traitées avec des agents oxydants ou vieillies naturellement. L’étude de différents produits réticulés du lysozyme a conduit à définir des modèles moléculaires caractéristiques du stress oxydants. Ceux-ci ont ensuite été détectées dans des échantillons plus complexes de peintures tempera historiques. L'examen des réticulations protéiques a également permis d’obtenir de nouvelles informations sur la composition biologique et la conservation d'un manuscrit Copte ayant été soumis à un ancien traitement de restauration invasif. La détection importante de méthylation des lysines et des marqueurs de fragmentations caractéristiques des réticulations à base de formaldéhyde, a fourni la première preuve analytique d'un traitement potentiel de consolidation du parchemin à base de gélatine-formol utilisé par la bibliothèque du Vatican pendant la restauration. L'approche développée a également offert une identification plus précise des protéines en détectant les peptides non identifiés par la stratégie classique car modifiés chimiquement ou structurellement inaccessibles. Enfin, l'action de certains pigments inorganiques courants sur les changements moléculaires et structuraux des protéines a également été étudiée. En particulier, le rôle de ces composés inorganiques dans les changements de conformation des protéines a été examiné pour la première fois par des études d'échange hydrogène / deutérium (HDX) par spectrométrie de masse (approche de protéine intacte). La diminution de l'échange de deutérium observée pour certains mélanges suggère l'interposition du pigment dans l'accessibilité aux solvants protéiques, ou / et la modification de la conformation moléculaire.

Membres du jury : 

Docteur Arslanoglu Julie, Department of Scientific Research, The Metropolitan Museum of Art, USA.
Professeur Birolo Leila, Université de Naples Federico II, Italie,
Professeur associate Bonaduce Ilaria, Université de Pise, Italie,
Professeur Chapoulie Rémy, Université Bordeaux Montaigne, France,
Professeur Collins Matthew, Université de Copenhague, Danemark,
Docteur Dufourc Erick, Centre National de la Recherche Scientifique, Bordeaux, France,
Docteur Menu Michel, Centre de Recherche et de Restauration des Musées de France, France,
Professeur Tokarski Caroline, Université de Bordeaux, France.

Information sur la thèse : Le projet doctoral de Galluzzi Francesca a été soutenu par le réseau européen de formation Marie Skłodowska ‐ Curie (ETN) «TEMPERA» pour l'analyse paléoprotéomique du patrimoine culturel (http://www.tempera-etn.eu). Le projet s'est concentré sur l'analyse des résidus de protéines anciennes basée sur la spectrométrie de masse pour le diagnostic biomoléculaire et la conservation du matériel du patrimoine culturel.

Soutenance de thèse - Fatima Zahra Alem

Fatima Zahra Alem
           Fatima Zahra Alem

Date : Vendredi 19 février 2021, 14h00 (UTC+1), Salle de conferences, CGFB, Bordeaux.

Titre : "Extraction et analyse par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse de Lawsonia inermis et l'étude de son effet contre le mélanome".

Résumé : Lawsonia inermis L. communément appelée Henné appartient à la famille des Lythraceae. Elle est connue pour son importance traditionnelle à la fois comme agent cosmétique et médicinal, en particulier dans les régions indigènes de l’Afrique du Nord, de l'Asie du Sud et des pays du Moyen-Orient. Les différentes parties de cet arbuste ; les feuilles, les tiges, les graines et les racines comportent différents constituants chimiques comme les naphthoquinones, les polyphénols, les flavonoïdes, les tanins, etc, qui ont des activités biologiques diverses. L’intérêt de cette plante méditerranéenne en plus de son utilisation cosmétique, c’est son activité biologique antimicrobienne, antiinflammatoire, anticancéreuse et plusieurs d’autres. Ce travail de recherche s’est intéressé particulièrement à l’étude de son effet anticancéreux de plus particulièrement son potentiel anti-mélanome métastatique vue son utilisation traditionnelle souvent comme traitement topique de la peau irritée. Ce travail de recherche a permis, en premier lieu, la mise au point d’un plan d’expérience pour l’optimisation du rendement global d’extraction des molécules actives à partir du Henné (Lawsonia inermis L.). En seconde étape, l’identification et la quantification des composés actifs par chromatographie liquide à haute performance couplé à la spectrométrie de masse.  Une cartographie géographie des cultures du henné au sud du Maroc, utilisant l’analyse en composantes principales et basée sur la nature du climat de chaque région. Par la suite, l’effet de la plumbagin sur le mélanome métastatique a été étudié. L’étude de cette activité a été évaluée in-vitro sur des cellules murines et humaine respectivement B16F10 et SKMEL-28. La plumbagin s'est avérée inhiber de manière significative trois processus métastatiques importants : la migration, l'adhésion et l'invasion des cellules B16F10. Ces résultats ont été confirmés dans la lignée cellulaire humaine SK-MEL-28.

Mots clés : Lawsonia inermis, naphtoquinones, extraction, HPLC, spectrométrie de masse, mélanome

Membres du jury : 

Pr. Catia Contado, Université de Ferrara, Italie - Rapporteur
Pr. Amaral Joana Soares, Polytechnic Institute of Bragança, Portugal - Rapporteur
Pr. Abdelaziz Benjouad, Université de Rabat, Morocco - Examinateur externe
Pr. Eddouks Mohammed, Université Moulay Ismail - Meknès, Maroc - Examinateur externe
Pr. Rabii Ameziane Hassani, Université Mohamed V, Maroc - Examinateur interne
Pr. Waffo-Teguo Pierre, Université de Bordeaux, France - Examinateur interne
Pr. Isoda Hiroko, Université de Tsukuba, Japon - Membre invité
Pr. Mayra O.Villareal, Université de Tsukuba, Japon - Membre invité
Pr. Nadia Dakka, Université Mohamed V, Maroc - Membre invité
Pr. Zoubida Charrouf, Université Mohamed V, Maroc - Membre invité
Pr. Boutayna Rhourri-Frih, Université de Bordeaux, France - Directeur de thèse
Pr. Youssef Bakri, Université Mohamed V, Maroc - Directeur de thèse

Information of the PhD :

Ce projet de doctorat est un programme conjoint entre l'Université de Bordeaux en France et l'Université Mohamed V au Maroc, et une collaboration avec Isoda Lab à l'Université de Tsukuba, au Japon, sous la supervision du Pr Isoda Hiroko. Le projet de doctorat a été soutenu financièrement par la bourse d'excellence EIFFEL du gouvernement français et par la Japan Student Services Organization (JASSO) du Japon.